Ở Rwanda thời thuộc địa và tiền diệt chủng, Butare là trung tâm chính của đất nước về giáo dục đại học. Các trường cao đẳng ban đầu như Đại Chủng viện Nyakibanda, được thành lập năm 1936 và ba cơ sở của thập niên 1960 bao gồm Đại học Quốc gia Rwanda (UNR), đều nằm ở phía nam thành phố.[71][72][73] Tổ chức giáo dục đại học đầu tiên ở Kigali là Học viện Châu Phi et Mauricien de statistique et d'économie appliquée, được thành lập năm 1976, nhưng thành phố không trở thành một trung tâm học tập lớn cho đến nửa cuối thập niên 1990, trong thời gian đó Viện Y tế công cộng Kigali (KHI), Viện Khoa học và Công nghệ Kigali (KIST) và Viện Giáo dục Kigali (KIE), cùng với các trường đại học tư nhân Đại học Độc lập Kigali (ULK). Các tổ chức khác đã được thêm vào Kigali trong thế kỷ 21, bao gồm Trường Tài chính và Ngân hàng (SFB) công lập ở Gikondo và Đại học tư nhân Kigali, cũng như các chi nhánh của các trường đại học nước ngoài như Đại học Mount Kenya và Đại học Kỹ thuật Carnegie Mellon.[74][75][76]

Năm 2013, chính phủ đã thực hiện những thay đổi đáng kể trong hệ thống đại học công lập của đất nước, nhằm cải thiện hiệu quả bằng cách loại bỏ các khóa học trùng lặp và loại bỏ sự khác biệt trong đánh giá học sinh giữa các trường khác nhau. Năm 2018 Kigali có 239 trường tiểu học với 203.680 học sinh theo học,[77] và 143 trường trung học với số lượng tuyển sinh là 60.997.[78]